Er besuchte die Rektorschule in Brakel. Sein Vater war Kaufmann in Brakel.

Otto Flechtheim wurde am 1. August 1942 von Münster in das sogenannte "Ghetto Theresienstadt" deportiert. Einen Monat nach Ankunft, am 22. September 1942, verstarb er aufgrund der katastrophalen Lagerbedingungen.